Les missions assignées à la Direction Nationale de la Protection des Végétaux et des Denrées Stockées sont, entre autres, a) participer à l'élaboration de la politique nationale en matière de protection des végétaux; b) mettre en œuvre des programmes de défense des cultures, des denrées stockées et de réduction des pertes après récoltes conformément au la Politique Nationale de Développement Agricole.