МККЗР всегда играла важную роль для международной торговли. Конвенция содействовала обеспечению того, чтобы страны посредством фитосанитарной сертификации препятствовали проникновению в результате их экспортных поставок новых вредных организмов в страны их торговых партнеров. Схожим образом, и импортирующие страны стремятся к обеспечению того, чтобы принятые в их странах меры защиты были оправданы с технической точки зрения.
Взаимосвязь между МККЗР и международной торговлей закреплена также Соглашением ВТО по применению санитарных и фитосанитарных мер (СФС; в котором МККЗР придается статус организации, занимающейся установлением фитосанитарных стандартов и гармонизацией фитосанитарных мер, затрагивающих торговлю. Оба соглашения отличаются в плане сфер их применения, целей и членского состава. Нельзя сказать, что одно соглашение дополняет другое. Скорее, они дополняют друг друга в областях пересечения сфер их применения. В Соглашении по СФС, являющемся торговым соглашением, есть положения, касающиеся защиты растений, а в МККЗР, являющейсся соглашением о защите растений, — положения о торговле.
МККЗР является юридически обязательным документом, но разработанные и принятые в рамках Конвенции стандарты не имеют обязательной юридической силы. Тем не менее, члены ВТО должны в своих фитосанитарных мерах опираться на международные стандарты, установленные в рамках МККЗР. Соответствующие МСФМ фитосанитарные меры должны совпадать с соответствующими положениями Соглашения по СФС. Меры, которые не придерживаются международных стандартов, или меры, которые принимаются в областях, где международные стандарты отсутствуют, должны определяться на основе оценки рисков для жизни или здоровья растений и опираться на научные данные и принципы. Экстренные (или предварительные) меры могут приниматься без проведения такого анализа, но должны быть своевременно пересмотрены с точки зрения их научной правомерности и модифицированы соответствующим образом.
В МККЗР установлены процедуры урегулирования споров в случаях, когда возникают сомнения в приемлемости мер, которые могут стать неоправданными барьерами в торговле. Процесс урегулирования споров в рамках МККЗР предоставляет возможность рассмотрения спорных вопросов на техническом уровне. Хотя процесс урегулирования споров в рамках МККЗР не имеет обязательной юридической силы, его результаты, скорее всего, окажут значительное влияние на споры, которые могут возникнуть на уровне ВТО в рамках Соглашения по СФС. С момента принятия МККЗР, она играет важную роль для международной торговли. Конвенция сподвигнула страны на то, чтобы они посредством фитосанитарных сертификатов давали гарантию того, что через их экспортные товары в партнерские страны не будут ввезены новые вредные организмы. Импортирующие страны со своей стороны стремятся обеспечить, чтобы действующие в них защитные меры были технически оправданы.
