Premier atelier sur le diagnostic de la race tropicale 4 de Fusarium

Posted on mer, 30 Mar 2022, 08:01

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© FAO/Simon Maina

Rome, 25 mars 2022 – En collaboration avec les parties contractantes et des experts, le Secrétariat de la Convention internationale pour la protection des végétaux (CIPV) organise une série d’ateliers sur le diagnostic, la surveillance et l’inspection de la race tropicale 4 de Fusarium oxysporum f. sp. cubense, assortis d’exercices de simulation. La race tropicale 4 de Fusarium oxysporum f. sp. cubense (TR4) est un champignon qui vit dans le sol. Cet organisme nuisible constitue actuellement la plus grande menace pour la production mondiale de bananes, affectant de nombreuses variétés, notamment les bananes Cavendish qui représentent environ la moitié de l’offre mondiale de bananes. Le premier des trois ateliers, organisé le 25 mars, était consacré au diagnostic de la TR4. Ce premier webinaire a réuni quelque 300 participants de 120 pays des régions suivantes: Afrique, Asie-Pacifique, Amérique latine, Proche-Orient et Afrique du Nord.

«Ces dix dernières années, la TR4 est passée de l’Asie du Sud-Est à l’Afrique (2013), puis à l’Amérique du Sud (2019). Or ces régions comptent parmi les principales zones de production de bananes au monde. Il est donc d’autant plus nécessaire de prévenir l’introduction et la dissémination de la race tropicale 4 de Fusarium», a déclaré le Secrétaire de la CIPV, M. Osama El-Lissy.

Le Cadre stratégique de la CIPV pour 2020-2030 recommande de lutter contre les organismes nuisibles d’apparition récente en renforçant les systèmes d’alerte et d’intervention en cas d’apparition de foyers d’organismes nuisibles. Grâce à ses activités, la CIPV apporte une valeur ajoutée qui se matérialise par la fourniture d’orientations et de matériels de formation disponibles sur le portail phytosanitaire international de la CIPV et par la communication des résultats des divers projets qu’elle mène.

«La CIPV œuvre pour empêcher la dissémination des organismes nuisibles et des maladies des végétaux à travers le monde en renforçant l’innocuité du commerce. Les normes internationales pour les mesures phytosanitaires (NIMP) fournissent un ensemble de normes mondialement reconnues, permettant ainsi de forger une compréhension commune des questions phytosanitaires en vue d’atteindre cet objectif. Néanmoins, le risque ne peut jamais être réduit à zéro. Ainsi, les pays doivent être préparés pour faire face aux apparitions d’organismes nuisibles et à l’introduction et à la dissémination d’organismes nuisibles d’apparition récente», a ajouté M. El-Lissy.

Diagnostic de la TR4 Le diagnostic est un élément essentiel pour décider des mesures qui doivent être prises en cas d’alerte parasitaire ou pour faire face à une menace parasitaire imminente, d’où l’importance d’utiliser des méthodes et des techniques fiables, précises et reproductibles. Lors du webinaire, M. Gert Kerma, professeur de phytopathologie à l’université de Wageningen, et M. Fernando Garcia-Bastidas, responsable du programme de sélection des bananes à Keygene (Pays-Bas), ont présenté les éléments clés à prendre en compte lors du diagnostic de la race tropicale 4 de Fusarium, notamment lors du premier signalement.

Pour effectuer un diagnostic, il faut relever les symptômes observés sur le bananier suspect, effectuer correctement le prélèvement de l’échantillon, préserver l’intégrité de l’échantillon et utiliser des méthodes et techniques de laboratoire appropriées pour éviter les faux positifs et les faux négatifs.

Le cultivar Cavendish est sensible à la TR4 mais pas aux races 1 et 2 de Fusarium oxysporum f.sp cubense. Les principaux symptômes causés par la TR4 sur la variété Cavendish sont les mêmes que ceux causés par les races 1 et 2 de chez d’autres germoplasmes de bananier également sensibles à la TR4. Par conséquent, caractériser les symptômes ne suffit pas à identifier les races de Fusarium oxysporum f.sp cubense sur les bananiers qui présentent une symptomatologie typique.

«Il existe également d’autres germoplasmes de bananier tout aussi sensibles à la TR4 que la variété Cavendish. C’est pourquoi il est primordial d’identifier rapidement et de diagnostiquer avec précision la race tropicale 4 de Fusarium sur un plant qui présente les symptômes de la maladie», a déclaré M. Kerma.

Le diagnostic de la TR4 a évolué et les techniques moléculaires permettent aujourd’hui d’effectuer le diagnostic plus rapidement. Le traitement des échantillons, l’extraction de l’ADN du champignon et la quantification de l’ADN peuvent être réalisés en utilisant différents équipements et techniques en fonction de la capacité et des moyens du laboratoire. Ces opérations peuvent être effectuées à l’aide de réactifs préparés en laboratoire ou de kits disponibles dans le commerce.

Il existe des marqueurs moléculaires, aussi appelés amorces, qui permettent d’identifier la TR4 en effectuant une amplification en chaîne par polymérase (PCR) conventionnelle, une PCR quantitative et un test d’amplification isotherme médiée par les boucles (LAMP).

«Néanmoins, il ne faut pas se tromper dans le choix des amorces. Je recommande d’en utiliser plusieurs (au moins deux amorces indépendantes), car parfois certaines amorces amplifient non seulement la TR4, mais aussi la race subtropicale», a indiqué M. Garcia-Bastidas.

«Le premier signalement doit être établi après avoir effectué toutes les opérations, à savoir la PCR, la PCR quantitative ou la LAMP, le séquençage du génome et les tests de pathogénicité», a-t-il ajouté.

*Expérience de l’ONPV de Colombie concernant le diagnostic de la TR4

Mettre en œuvre et normaliser ces techniques requiert une bonne connaissance des caractéristiques techniques et biologiques de la plante et de l’agent pathogène concernés. Or il arrive que les organisations nationales de la protection des végétaux (ONPV) éprouvent des difficultés à mettre en œuvre et à normaliser les techniques en laboratoire.

Mme Mariluz Ayala Vásquez, coordonnatrice et analyste du laboratoire de quarantaine végétale de l’Instituto Colombiano Agropecuario (ICA), a présenté son activité au sein de l’ONPV de Colombie. Elle a souligné l’importance de réduire le risque de dissémination de l’agent pathogène au niveau local en prélevant des échantillons, et a expliqué comment son ONPV a modifié son fonctionnement pour pouvoir appliquer des pratiques et des protocoles de biosécurité à même d’empêcher la dissémination de l’agent pathogène lors de «l’envoi des échantillons pour analyse et pendant la manipulation et l’élimination de l’agent pathogène en laboratoire».

Partenariat entre la CIPV et le COMESA

La CIPV et le Secrétariat du Marché commun de l’Afrique orientale et australe (COMESA) travaillent en partenariat pour renforcer les capacités des pays membres du COMESA. Ils ont notamment élaboré quatre formations en ligne sur l’analyse du risque phytosanitaire, la certification des exportations, la surveillance et l’inspection, ainsi qu’un guide sur la planification des interventions d’urgence. Ce partenariat a été organisé dans le cadre de l’appui apporté par la FAO au programme de facilitation des échanges du COMESA, avec le soutien du Comité de Liaison Europe-Afrique-Caraïbe-Pacifique (COLEACP) et du Système économique latino-américain et caribéen (SELA).

Le deuxième atelier – sur la surveillance et l’alerte rapide – est prévu le 19 avril 2022. Le troisième – sur l’inspection et les exercices de simulation – se tiendra le 10 mai 2022. Les inscriptions s’effectuent depuis cette page.

L’enregistrement du premier webinaire est disponible sur la [page web consacrée à la série d’ateliers2

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